DNA sequence seriously contradicts Darwin’s Tree of Life – a fact that was clearly stated in Casey Luskin’s article, “The Ten Big Problems with Evolution,” released on February 20, 2015. In other words, DNA sequencing is uprooting Darwin’s tree of life. Here is a summary of the most notable information in Casey Luskin’s article …

Trình tự DNA mâu thuẫn nghiêm trọng với Cây sự sống của Darwin – đó là sự thật đã được công bố rõ ràng trong bài báo của Casey Luskin, “Mười nan đề lớn của Thuyết tiến hóa”, ra mắt ngày 20/02/2015. Nói cách khác, trình tự DNA đang nhổ bật rễ cây sự sống của Darwin. Sau đây là lược thuật những thông tin đáng chú ý nhất trong bài báo của Casey Luskin … 

Mười Nan đề Lớn nhất

• 1: Thí nghiệm Tự sinh hoàn toàn thất bại.
• 2: Bất lực trước câu hỏi “Nguồn mã DNA là gì?” (Giải thưởng 10 triệu USD)
• 3: Biến đổi ngẫu nhiên không tạo ra thông tin mới (không có tiến hóa)
• 4: Chọn lọc tự nhiên mâu thuẫn với sự biến hình dần dần từng tí một.
• 5: “Vụ nổ Cambri” và “Nghiên cứu DNA ty thể” cho thấy các loài ra đời gần như cùng một lúc.
• 6: Sinh học phân tử mâu thuẫn với Cây sự sống của Darwin.
• 7: “Tiến hóa hội tụ” (Convergent Evolution) hủy hoại logic tổ tiên chung.
• 8: Sự khác biệt giữa phôi động vật có xương sống trái ngược với dự đoán về tổ tiên chung
• 9: Thuyết Tân-Darwin bị thách thức bởi sự phân bố sinh học địa lý của nhiều loài
• 10: Sai lầm lớn của Thuyết tiến hóa về những bộ phận “dư thừa” (tàn tích của tiến hóa), bao gồm “Junk DNA”

 

 

1/ Hóa thạch nói KHÔNG với thuyết tiến hóa, vì thế giới tiến hóa phải tìm kiếm bằng chứng mới. Họ hy vọng tìm thấy bằng chứng ở trình tự DNA (trình tự gene / trình tự nucleotide), với niềm tin cho rằng mức độ tương đồng về trình tự phản ánh mức độ liên quan họ hàng – sinh vật có quan hệ họ hàng gần bao nhiêu thì tỷ lệ tương đồng trình tự nucleotide trong DNA lớn bấy nhiêu. Nói cách khác, mức độ gần gũi họ hàng tỷ lệ thuận với tỷ lệ tương đồng trong trình tự DNA.  

 

2/ NHƯNG dữ liệu di truyền không vẽ nên một bức tranh nhất quán về tổ tiên chung, cho thấy các giả định trong việc xây dựng cây sự sống thường thất bại.

 

3/ RNA có thể gợi ý loài A có quan hệ họ hàng gần với loài B hơn so với loài C, nhưng DNA cho kết quả ngược lại

 

4/ Nhà sinh hóa W. Ford Doolittle: “Các nhà phát sinh chủng loại học phân tử sẽ không tìm thấy ‘cây sự sống thực sự’, không phải vì phương pháp của họ không đầy đủ hoặc vì họ đã chọn sai gene, mà vì lịch sử sự sống không thể được biểu diễn đúng cách dưới dạng một cái cây”. (Cây sự sống của Darwin SAI). 

 

5/ “Trong một thời gian dài, mục tiêu chính là xây dựng một cây sự sống… Nhưng ngày nay, dự án này đang trong tình trạng đổ nát, bị xé nát thành từng mảnh bởi sự tấn công của bằng chứng tiêu cực”.

 

6/ “Sự bất hợp lý về mặt phát sinh chủng loài có thể được nhìn thấy ở khắp mọi nơi trong cây phả hệ phổ quát, từ gốc của nó đến các nhánh chính …”

 

7/ Điều gì đã xảy ra khi nhà vi sinh vật học Michael Syvanen cố gắng tạo ra một cây sự sống biểu thị mối quan hệ tiến hóa bằng cách sử dụng 2000 gene từ một nhóm động vật đa dạng: Ông đã thất bại. Vấn đề là các gene khác nhau kể những câu chuyện tiến hóa trái ngược nhau. … Syvanen than thở: “Chúng ta vừa hủy diệt cây sự sống”.

 

8/ Các protein khác nhau tạo ra các cây phát sinh loài khác nhau (!!!).

 

9/ Các chuỗi RNA ngắn gọi là microRNA “đang phá vỡ các ý tưởng truyền thống về cây phả hệ động vật”.

 

10/ Kevin Peterson: “Tôi đã xem xét hàng nghìn gene microRNA và không thể tìm thấy một ví dụ nào ủng hộ cây phả hệ truyền thống”.

 

11/ “Các microRNA tạo ra một cây hoàn toàn khác với những gì mọi người khác mong muốn”.

 

12/ Xung đột giữa dữ liệu của sinh học phân tử và sự tương đồng về hình thái cũng rất phổ biến.

 

13/ Sách giáo khoa thường tuyên bố rằng Cây sự sống được hỗ trợ bởi enzyme cytochrome c, nhưng tảng lờ sự thật là cytochrome b xung đột mạnh với cây sự sống.

 

14/ Cytochrome b của ty thể ngụ ý một phả hệ vô lý của động vật có vú: Mèo và cá voi nằm trong nhóm linh trưởng, được nhóm với loài khỉ vượn và vượn cáo, khỉ bụi và cu li, …  Cytochrome b có lẽ là gene được giải trình tự phổ biến nhất ở động vật có xương sống, khiến kết quả đáng ngạc nhiên này thậm chí còn khó hiểu hơn.

 

15/ Do những xung đột như vậy, một bài báo trên Nature đã đưa tin, “sự khác biệt giữa các cây phân tử và hình thái” dẫn đến “cuộc chiến tiến hóa”

 

16/ Một phần lớn các gene đơn lẻ tạo ra các phát sinh loài có chất lượng kém

 

17/ Một nghiên cứu đã bỏ qua 35% các gene đơn lẻ khỏi ma trận dữ liệu của họ, vì những gene đó tạo ra các phát sinh loài trái ngược với hiểu biết thông thường.

 

18/ Giấc mơ Trình tự DNA phù hợp với Cây sự sống đã tan vỡ.

 

PVHg 19/11/2024

Sau đây là nguyên văn tiếng Anh 2 phần quan trọng nhất trong bài báo của Casey Luskin:

• Phần 1: Liệt kê 10 Nan đề lớn nhất của Thuyết tiến hóa
• Phần 2: Sinh học phân tử mâu thuẫn với Cây sự sống của Darwin.

Xin trân trọng giới thiệu với độc giả:

The Top Ten Scientific Problems

with Biological and Chemical Evolution

By Casey Luskin on February 20, 2015

https://www.discovery.org/a/24041/

• Introduction
• Problem 1: No Viable Mechanism to Generate a Primordial Soup
• Problem 2: Unguided Chemical Processes Cannot Explain the Origin of the Genetic Code
• Problem 3: Random Mutations Cannot Generate the Genetic Information Required for Irreducibly Complex Structures
• Problem 4: Natural Selection Struggles to Fix Advantageous Traits into Populations
• Problem 5: Abrupt Appearance of Species in the Fossil Record Does Not Support Darwinian Evolution
• Problem 6: Molecular Biology has Failed to Yield a Grand “Tree of Life”
• Problem 7: Convergent Evolution Challenges Darwinism and Destroys the Logic Behind Common Ancestry
• Problem 8: Differences between Vertebrate Embryos Contradict the Predictions of Common Ancestry
• Problem 9: Neo-Darwinism Struggles to Explain the Biogeographical Distribution of many Species
• Problem 10: Neo-Darwinism has a Long History of Inaccurate Darwinian Predictions about Vestigial Organs and “Junk DNA”
• Bonus Problem: Humans Display Many Behavioral and Cognitive Abilities that Offer No Apparent Survival Advantage

Problem 6:

Molecular Biology has Failed

to Yield a Grand “Tree of Life”

When fossils failed to demonstrate that animals evolved from a common ancestor, evolutionary scientists turned to another type of evidence — DNA sequence data — to demonstrate a tree of life. In the 1960s, around the time the genetic code was first understood, biochemists Émile Zuckerkandl and Linus Pauling hypothesized that if DNA sequences could be used to produce evolutionary trees — trees which matched those based upon morphological or anatomical characteristics — this would furnish “the best available single proof of the reality of macro-evolution.”99 Thus began a decades-long effort to sequence the genes of many organisms and construct “molecular” based evolutionary (“phylogenetic”) trees. The ultimate goal has been to construct a grand “tree of life,” showing how all living organisms are related through universal common ancestry.

The Main Assumption

The basic logic behind building molecular trees is relatively simple. First, investigators choose a gene, or a suite of genes, found across multiple organisms. Next, those genes are analyzed to determine their nucleotide sequences, so the gene sequences of various organisms can then be compared. Finally, an evolutionary tree is constructed based upon the principle that the more similar the nucleotide sequence, the more closely related the species. A paper in the journal Biological Theory puts it this way:

[M]olecular systematics is (largely) based on the assumption, first clearly articulated by Zuckerkandl and Pauling (1962), that degree of overall similarity reflects degree of relatedness.

This assumption is essentially an articulation of a major feature of the theory – the idea of universal common ancestry. Nonetheless, it’s important to realize that it is a mere assumption to claim that genetic similarities between different species necessarily result from common ancestry.

Operating strictly within a Darwinian paradigm, these assumptions flow naturally. As the aforementioned Biological Theory paper explains, the main assumption underlying molecular trees “derives from interpreting molecular similarity (or dissimilarity) between taxa in the context of a Darwinian model of continual and gradual change.” So the theory is assumed to be true to construct a tree. But also, if Darwinian evolution is true, construction of trees using different sequences should reveal a reasonably consistent pattern across different genes or sequences.

This makes it all the more significant that efforts to build a grand “tree of life” using DNA or other biological sequence data have not conformed to expectations. The basic problem is that one gene gives one version of the tree of life, while another gene gives a highly different, and conflicting, version of the tree. For example, as we’ll discuss further below, the standard mammalian tree places humans more closely related to rodents than to elephants. But studies of a certain type of DNA called microRNA genes have suggested the opposite — that humans were closer to elephants than rodents. Such conflicts between gene-based trees are extremely common.

The genetic data is thus not painting a consistent picture of common ancestry, showing the assumptions behind tree-building commonly fail. This leads to justifiable questions about whether universal common ancestry is correct.

Conflicts in the Base of the Tree of Life

Problems first arose when molecular biologists sequenced genes from the three basic domains of life — bacteria, archaea, and eukarya — but those genes did not allow these basic groups of life to be resolved into a treelike pattern. In 2009, the journal New Scientist published a cover story titled, “Why Darwin was wrong about the tree of life” which explained these quandaries:

The problems began in the early 1990s when it became possible to sequence actual bacterial and archaeal genes rather than just RNA. Everybody expected these DNA sequences to confirm the RNA tree, and sometimes they did but, crucially, sometimes they did not. RNA, for example, might suggest that species A was more closely related to species B than species C, but a tree made from DNA would suggest the reverse.

This sort of data led biochemist W. Ford Doolittle to explain that “Molecular phylogenists will have failed to find the ‘true tree,’ not because their methods are inadequate or because they have chosen the wrong genes, but because the history of life cannot properly be represented as a tree.”103 New Scientist put it this way: “For a long time the holy grail was to build a tree of life … But today the project lies in tatters, torn to pieces by an onslaught of negative evidence.”

Many evolutionists sometimes reply that these problems arise only when studying microorganisms like bacteria — organisms which can swap genes through a process called “horizontal gene transfer,” thereby muddying the signal of evolutionary relationships. But this objection isn’t quite true, since the tree of life is challenged even among higher organisms where such gene-swapping is not prevalent. Carl Woese, a pioneer of evolutionary molecular systematics, explains:

Phylogenetic incongruities can be seen everywhere in the universal tree, from its root to the major branchings within and among the various taxa to the makeup of the primary groupings themselves.

Likewise, the New Scientist article notes that “research suggests that the evolution of animals and plants isn’t exactly tree-like either.”106 The article explains what happened when microbiologist Michael Syvanen tried to create a tree showing evolutionary relationships using 2000 genes from a diverse group of animals:

He failed. The problem was that different genes told contradictory evolutionary stories. … the genes were sending mixed signals. … Roughly 50 per cent of its genes have one evolutionary history and 50 per cent another.

The data were so difficult to resolve into a tree that Syvanen lamented, “We’ve just annihilated the tree of life.” Many other papers in the technical literature recognize similar problems.

Conflicts Between Higher Branches

A 2009 paper in Trends in Ecology and Evolution notes that, “A major challenge for incorporating such large amounts of data into inference of species trees is that conflicting genealogical histories often exist in different genes throughout the genome.”109 Similarly, a paper in Genome Research studied the DNA sequences in various animal groups and found that “different proteins generate different phylogenetic tree[s].”110 A June, 2012 article in Nature reported that short strands of RNA called microRNAs “are tearing apart traditional ideas about the animal family tree.” Dartmouth biologist Kevin Peterson who studies microRNAs lamented, “I’ve looked at thousands of microRNA genes, and I can’t find a single example that would support the traditional tree.” According to the article, microRNAs yielded “a radically different diagram for mammals: one that aligns humans more closely with elephants than with rodents.” Peterson put it bluntly: “The microRNAs are totally unambiguous … they give a totally different tree from what everyone else wants.”

Conflicts Between Molecules and Morphology

Not all phylogenetic trees are constructed by comparing molecules like DNA from different species. Many trees are based upon comparing the form, structure, and body plan of different organisms — also called “morphology.” But conflicts between molecule-based trees and morphology-based trees are also common. A 2012 paper studying bat relationships made this clear, stating: “Incongruence between phylogenies derived from morphological versus molecular analyses, and between trees based on different subsets of molecular sequences has become pervasive as datasets have expanded rapidly in both characters and species.” This is hardly the only study to encounter conflicts between DNA-based trees and trees based upon anatomical or morphological characteristics. Textbooks often claim common descent is supported using the example of a tree of animals based upon the enzyme cytochrome c which matches the traditional evolutionary tree based upon morphology. However, textbooks rarely mention that the tree based upon a different enzyme, cytochrome b, sharply conflicts with the standard evolutionary tree. As one article in Trends in Ecology and Evolution observed:

 [T]he mitochondrial cytochrome b gene implied . . . an absurd phylogeny of mammals, regardless of the method of tree construction. Cats and whales fell within primates, grouping with simians (monkeys and apes) and strepsirhines (lemurs, bush-babies and lorises) to the exclusion of tarsiers. Cytochrome b is probably the most commonly sequenced gene in vertebrates, making this surprising result even more disconcerting.

Strikingly, a different article in Trends in Ecology and Evolution concluded, “the wealth of competing morphological, as well as molecular proposals [of] the prevailing phylogenies of the mammalian orders would reduce [the mammalian tree] to an unresolved bush, the only consistent [evolutionary relationship] probably being the grouping of elephants and sea cows.”115 Because of such conflicts, a major review article in Nature reported, “disparities between molecular and morphological trees” lead to “evolution wars” because “[e]volutionary trees constructed by studying biological molecules often don’t resemble those drawn up from morphology.”

Finally, a study published in Science in 2005 tried to use genes to reconstruct the relationships of the animal phyla, but concluded that “[d]espite the amount of data and breadth of taxa analyzed, relationships among most [animal] phyla remained unresolved.” The following year, the same authors published a scientific paper titled, “Bushes in the Tree of Life,” which offered striking conclusions. The authors acknowledge that “a large fraction of single genes produce phylogenies of poor quality,” observing that one study “omitted 35% of single genes from their data matrix, because those genes produced phylogenies at odds with conventional wisdom.” The paper suggests that “certain critical parts of the [tree of life] may be difficult to resolve, regardless of the quantity of conventional data available.” The paper even contends that “[t]he recurring discovery of persistently unresolved clades (bushes) should force a re-evaluation of several widely held assumptions of molecular systematics.”

Unfortunately, one assumption that these evolutionary biologists aren’t willing to re-evaluate is the assumption that universal common ancestry is correct. They appeal to a myriad of ad hoc arguments — horizontal gene transfer, long branch attraction, rapid evolution, different rates of evolution, coalescent theory, incomplete sampling, flawed methodology, and convergent evolution — to explain away inconvenient data which doesn’t fit the coveted treelike pattern. As a 2012 paper stated, “phylogenetic conflict is common, and frequently the norm rather than the exception.”118 At the end of the day, the dream that DNA sequence data would fit into a nice-neat tree of life has failed, and with it a key prediction of neo-Darwinian theory.